2026.04.20

健康診断で退勤が遅れたら残業代は出る？労働時間の扱いと賃金ルールを解説

ふくラボ編集部

会社の健康診断を受けたら予想以上に時間がかかってしまった経験はありませんか？。

「これって勤務時間に含まれるの？」「残業代は出るの？」と疑問に思う人も多いでしょう。

実は、健康診断の受診にかかった時間が労働時間として扱われるかどうかは、健康診断の種類や受診のタイミングによって異なります。

この記事では、健康診断と残業代の関係について、労働基準法や労働安全衛生法の観点から分かりやすく解説します。

賃金の支払ルールや、会社が負うべき義務についても詳しく説明しますので、ぜひ最後までご覧ください。

健康診断の種類と事業者の義務

健康診断にはいくつかの種類があり、それぞれ実施の目的や対象者が異なります。

労働安全衛生法では、会社（事業者）に対して従業員の健康診断を実施する義務を定めています。

ここでは、健康診断の主な種類と、会社が負う義務について確認していきましょう。

出典：安全・衛生｜厚生労働省

一般健康診断とは

一般健康診断は、すべての労働者を対象に実施される基本的な健康診断です。

定期健康診断や雇入れ時の健康診断などが該当します。

一般健康診断の主な種類は以下の通りです。

定期健康診断（年1回）
雇入れ時の健康診断
特定業務従事者の健康診断（特定業務に従事する際と、その後6か月ごと）
海外派遣労働者の健康診断

定期健康診断は、常時使用する労働者に対して事業者が実施しなければならない義務があります。

検査項目には、身長・体重測定、視力・聴力検査、血圧測定、血液検査、心電図検査などが含まれます。

特殊健康診断とは

特殊健康診断は、有害業務に従事する労働者に対して実施される健康診断です。

特定の化学物質を取り扱う業務や、粉じん作業、放射線業務などに従事する従業員が対象となります。

特殊健康診断の特徴は以下の通りです。

有害業務ごとに定められた検査項目がある
実施頻度は業務内容によって異なる（6か月ごとまたは1年ごと）
専門的な医師による診断が必要な場合がある

特殊健康診断は、労働者が健康被害を受けるリスクが高い業務に従事しているため、一般健康診断よりも手厚い対応が求められます。

事業者に課せられる実施義務

労働安全衛生法では、事業者に対して健康診断の実施を義務付けています。

従業員が健康診断を受診できるよう、必要な時間を確保することも事業者の責任です。

事業者が負う主な義務は以下の通りです。

定期健康診断を年1回実施すること
雇入れ時に健康診断を実施すること
特定業務従事者には配置前と定期的に健康診断を実施すること
健康診断の結果を保管すること（5年間）
健康診断の結果に基づき、必要に応じて医師による面接指導を実施すること

これらの義務を怠った場合、労働基準監督署から指導を受けることがあります。

また、重大な違反の場合は罰則が科される可能性もあるため、会社は適切に対応する必要があります。

健康診断の時間は労働時間として扱われる？

健康診断を受診する時間が労働時間に含まれるかどうかは、多くの従業員にとって気になるポイントです。

実は、健康診断の種類によって労働時間としての扱いが異なります。

ここでは、一般健康診断と特殊健康診断それぞれのケースについて、労働時間の考え方を詳しく見ていきましょう。

一般健康診断の場合

一般健康診断の受診時間は、原則として労働時間として扱う必要はありません。

これは、一般健康診断が「労働者自身の健康管理」という側面が強いためです。

行政の解釈では、一般健康診断は「業務遂行との直接的な関連性が薄い」と考えられています。

ただし、実務上は以下のような対応が一般的です。

勤務時間中に受診できるよう配慮する
受診時間を有給扱いにする
半日や数時間の特別休暇を付与する

実際に、多くの会社では従業員が受診しやすいよう、就業時間内に健康診断を実施したり、受診時間を給与計算上の労働時間として扱ったりしています。

これは法的な義務ではありませんが、従業員の健康管理を促進するための配慮といえます。

特殊健康診断の場合

特殊健康診断の受診時間は、労働時間として扱うべきとされています。

なぜなら、特殊健康診断は「業務に起因する健康障害を予防する」という業務との直接的な関連性が強いためです。

特殊健康診断に関する時間の扱いは以下のようになります。

受診時間は労働時間に算入される
賃金の支払が必要
業務命令として受診させる性質が強い

有害業務に従事する労働者の健康を守るためには、定期的な健康チェックが欠かせません。

事業者はこれを業務の一環として位置づけ、適切な時間と賃金を確保する必要があります。

会社の就業規則による違い

労働時間の扱いについては、会社の就業規則や労使協定によって異なる場合があります。

法律上は一般健康診断を労働時間として扱う義務はありませんが、会社が独自に「健康診断受診時間は有給とする」と定めているケースも多くあります。

就業規則で確認すべきポイントは以下の通りです。

健康診断受診時間の扱い（労働時間、有給休暇、特別休暇など）
賃金の支払有無
受診のタイミング（就業時間内か、就業時間外か）

自分の会社でどのような扱いになっているか分からない場合は、人事部や総務部に相談してみましょう。

就業規則は従業員が自由に閲覧できるよう、会社が周知する義務があります。

健康診断で残業代は発生するのか

健康診断の受診によって通常の退勤時間を過ぎてしまった場合、残業代は支払われるのでしょうか。

ここでは、健康診断と残業代の関係について、具体的なケース別に解説します。

賃金の支払義務や、深夜労働に該当する場合の扱いについても確認していきましょう。

健康診断後の残業代支払の考え方

健康診断の受診時間が労働時間として扱われる場合、その時間を含めて労働時間を計算します。

その結果、法定労働時間（1日8時間）を超えた場合は、割増賃金の支払が必要になります。

健康診断の種類	労働時間の扱い	残業代の発生
一般健康診断（原則）	労働時間外	発生しない
一般健康診断（会社が労働時間と定めている場合）	労働時間	法定労働時間を超えれば発生
特殊健康診断	労働時間	法定労働時間を超えれば発生

たとえば、特殊健康診断を受診して通常の退勤時刻を過ぎてしまった場合、その受診時間も含めて1日の労働時間が8時間を超えていれば、超過分に対して残業代（割増賃金）が支払われます。

就業時間内に受診した場合

会社が就業時間内に健康診断を実施する場合、その時間は通常の労働時間として扱われることが多いです。

この場合、特別に残業代が発生するわけではありません。

ただし、以下のようなケースでは注意が必要です。

健康診断後に通常業務を行い、結果的に労働時間が延びた場合
健康診断の実施時間が長引き、予定していた終業時刻を超えた場合

これらの場合、実際の労働時間の合計が法定労働時間を超えていれば、超過分に対して割増賃金を支払う必要があります。

就業時間外に受診した場合

就業時間外に健康診断を受診した場合の扱いは、健康診断の種類や会社の方針によって異なります。

一般健康診断を就業時間外に受診する場合、通常は労働時間として扱われず、残業代も発生しません。

しかし、特殊健康診断の場合は状況が変わります。

特殊健康診断は業務との関連性が強いため、就業時間外に受診した場合でも労働時間として扱い、賃金を支払うべきとされています。

もし就業時間外の受診によって深夜時間帯（午後10時から午前5時まで）にかかった場合は、深夜労働の割増賃金（25%以上）が適用される可能性もあります。

深夜残業に該当する場合の対応

健康診断の受診が深夜時間帯にまで及んだ場合、深夜労働の割増賃金が適用されるかどうかは、その時間が労働時間として扱われるかによって決まります。

深夜労働の割増率は以下の通りです。

深夜労働（午後10時～午前5時）：25%以上の割増賃金
深夜残業（深夜時間帯の時間外労働）：50%以上の割増賃金（時間外25%+深夜25%）

特殊健康診断を深夜時間帯に受診した場合、これが労働時間として扱われるため、深夜割増賃金の支払が必要になります。

会社としては、できるだけ従業員が通常の勤務時間内に受診できるよう配慮することが望ましいでしょう。

健康診断と賃金・給与計算の実務

健康診断に関する賃金の扱いは、給与計算の実務においても重要なポイントです。

ここでは、健康診断受診時間をどのように勤怠管理し、給与計算に反映させるかについて解説します。

人事担当者や従業員双方が理解しておくべき内容です。

健康診断受診時間の勤怠管理

健康診断の受診時間を適切に勤怠管理することは、正確な給与計算のために欠かせません。

会社は、従業員がいつ、どのくらいの時間健康診断を受診したかを記録する必要があります。

勤怠管理のポイントは以下の通りです。

健康診断の開始時刻と終了時刻を記録する
健康診断の種類（一般か特殊か）を明記する
就業時間内か就業時間外かを区別する
移動時間が必要な場合はその時間も含める

最近では、勤怠管理システムに健康診断用の区分を設けている会社も増えています。

このような仕組みがあれば、従業員も人事担当者も正確に時間を管理しやすくなります。

給与計算での取り扱い

給与計算において、健康診断受診時間をどう扱うかは、会社の規定と健康診断の種類によって決まります。

給与計算の基本的な流れは以下の通りです。

健康診断受診時間が労働時間に含まれるかを判断する
労働時間に含まれる場合、通常の賃金を計算する
法定労働時間を超えた場合は割増賃金を計算する
深夜時間帯にかかった場合は深夜割増を加算する

特殊健康診断の場合は、受診時間を労働時間として計上し、通常の賃金を支払います。

一般健康診断でも、会社が労働時間として扱うと定めている場合は同様です。

割増賃金の計算方法

健康診断受診によって時間外労働が発生した場合の割増賃金の計算方法を確認しましょう。

基本的な計算式は以下の通りです。

割増賃金 = 1時間あたりの賃金 × 割増率 × 時間外労働時間。

たとえば、時給換算で2,000円の従業員が、特殊健康診断受診により1時間の時間外労働をした場合を考えます。

時間外労働の割増率は25%以上なので、最低でも2,000円 × 1.25 × 1時間 = 2,500円の割増賃金が発生します。

健康診断費用の負担

健康診断の受診にかかる費用は、基本的に事業者が負担します。

労働安全衛生法で実施が義務付けられている健康診断については、会社が全額負担するのが原則です。

健康診断費用に関する基本ルールは以下の通りです。

一般健康診断：事業者負担が一般的（法的義務ではないが、実務上の慣行）
特殊健康診断：事業者負担が必須
オプション検査：従業員が希望する追加検査は、従業員負担または折半が多い

会社が指定した医療機関で受診する場合、会社が医療機関に直接費用を支払う形が一般的です。

従業員が立て替えた場合は、領収書を提出して精算する仕組みが取られます。

トラブルを避けるための対応とQ&A

健康診断に関する労働時間や賃金の扱いについて、従業員と会社の間で認識の相違が生じることがあります。

ここでは、よくある質問や疑問点について、実務的な視点から回答していきます。

トラブルを未然に防ぐための対応方法も合わせて確認しましょう。

よくある質問と回答

健康診断の受診を拒否できるか

労働安全衛生法では、従業員には健康診断を受診する義務があります。

したがって、正当な理由なく受診を拒否することはできません。

会社は従業員に対して受診を命じることができ、従業員がこれに従わない場合は懲戒処分の対象となる可能性もあります。

ただし、会社は従業員が受診しやすい環境を整える必要があります。

受診日時や場所について、できる限り従業員の希望に配慮することが望ましいでしょう。

健康診断の結果はプライバシーとして守られるか

健康診断の結果は、個人情報として適切に管理される必要があります。

事業者は、健康診断の結果を本人に通知し、5年間保管する義務があります。

一方で、健康診断の結果を上司や同僚に無断で開示することは、プライバシーの侵害にあたります。

健康診断の結果に基づいて医師による面接指導が必要な場合でも、本人の同意を得て進めるべきです。

ただし、業務上の配慮が必要な健康状態（重度の疾患など）については、産業医や人事部と連携して適切な就業上の措置を講じることがあります。

再検査が必要になった場合の扱い

健康診断で異常が見つかり、再検査や精密検査が必要になった場合の時間や費用の扱いはどうなるでしょうか。

再検査の時間については、原則として労働時間とは扱われません。

これは、再検査が「個人の健康管理」の領域に入るためです。

ただし、会社によっては特別休暇を認めたり、有給休暇の取得を推奨したりする場合があります。

費用については、会社が負担する義務はありませんが、福利厚生の一環として一部または全額を補助する企業もあります。

自分の会社の制度を就業規則や福利厚生規程で確認してみましょう。

会社と従業員が取るべき対応

会社側の対応

会社は、健康診断に関するルールを明確にし、従業員に周知することが重要です。

具体的には以下のような対応が求められます。

就業規則に健康診断の取り扱いを明記する
受診時間が労働時間に含まれるかどうかを明確にする
健康診断の実施計画を事前に従業員に通知する
受診しやすい環境（時間帯、場所）を整備する
健康診断の結果に基づく面接指導の仕組みを整える

また、人事部や総務部の担当者は、労働基準法や労働安全衛生法の内容を正しく理解し、疑問があれば労働基準監督署や社会保険労務士などの専門家に相談することも大切です。

従業員側の対応

従業員も、健康診断に関する自分の権利と義務を理解しておく必要があります。

以下のポイントを押さえておきましょう。

健康診断は受診義務があることを認識する
会社の就業規則で健康診断の扱いを確認する
受診時間や賃金について不明点があれば人事部に質問する
健康診断の結果を真摯に受け止め、必要な措置を取る

もし会社の対応に疑問や不満がある場合は、まず人事部に相談してみましょう。

それでも解決しない場合は、労働組合（あれば）や労働基準監督署、弁護士などに相談する方法もあります。

専門家への相談が必要なケース

健康診断に関する労働時間や賃金の扱いについて、複雑なケースでは専門家の意見を聞くことが有効です。

以下のような場合は、弁護士や社会保険労務士への相談を検討しましょう。

会社が健康診断受診を理由に不当な扱いをしている
特殊健康診断の時間が労働時間として認められない
健康診断受診による残業代が支払われない
健康診断の結果を理由に不利益な配置転換をされた

労働問題に詳しい弁護士であれば、法的な観点からアドバイスを受けられます。

社会保険労務士は、労働法規や社会保険に関する専門家として、会社の制度設計や運用についても相談に乗ってくれます。

最近では、無料相談を実施している専門家も多いので、気軽に問い合わせてみるとよいでしょう。

日本全国の労働基準監督署でも、労働者からの相談を受け付けています。

まとめ

健康診断と残業代の関係は、健康診断の種類や会社の規定によって異なります。

特殊健康診断は労働時間として扱われ残業代も発生しますが、一般健康診断は原則として労働時間外の扱いです。

ただし、多くの会社では従業員の健康管理を重視し、就業時間内の受診や有給扱いとしています。

自分の会社の就業規則を確認し、疑問があれば人事部や専門家に相談しましょう。

ABOUT ME