健康診断の交通費は経費になる？会社負担・個人事業主の仕訳方法を解説

健康診断を受診する際、医療機関までの交通費が発生しますが、この費用は経費として処理できるのでしょうか。

会社勤めの従業員の場合、雇用主が負担するべきなのか、個人事業主の場合は経費計上が可能なのか、判断に迷う方も多いでしょう。

本記事では、健康診断の交通費が経費になるかどうかの判断基準、会社負担の場合の処理方法、個人事業主の仕訳方法について詳しく解説します。

税務上の取り扱いや勘定科目の選び方、福利厚生費として計上する際の条件など、実務で必要な知識を網羅的にお伝えしますので、経理担当者や個人事業主の方はぜひ参考にしてください。

健康診断の交通費は経費になるのか

健康診断の交通費が経費として認められるかどうかは、法人の従業員か個人事業主かによって取り扱いが異なります。

また、健康診断の種類や実施目的によっても判断が変わるため、まずは基本的な考え方を理解しておきましょう。

法定健康診断の交通費と会社の義務

労働安全衛生法では、事業者に対して従業員の健康診断を実施する義務が定められています。

出典：労働安全衛生法について｜厚生労働省

一般健康診断や特定業務従事者の健康診断など、法律で義務付けられた健康診断を従業員に受診させる場合、会社は健康診断費用を負担する必要があります。

ただし、法律上は健康診断の実施義務は明確に定められているものの、交通費の負担義務については明示されていません。

そのため、健康診断の交通費を会社が負担するかどうかは、各企業の判断に委ねられています。

会社が交通費を負担する場合、福利厚生費として経費計上することが可能です。

この場合、従業員にとっては給与所得として課税されることなく、会社側も経費として損金算入できるため、双方にとってメリットがあります。

会社負担の場合の経費処理の考え方

会社が従業員の健康診断交通費を負担する場合、以下の条件を満たせば福利厚生費として処理できます。

• 全従業員を対象とした制度であること
• 社会通念上妥当な金額であること
• 業務遂行上必要な健康診断であること

特定の従業員のみを優遇するような制度設計では、給与として課税される可能性があるため注意が必要です。

また、人間ドックのような任意の健診でも、全従業員を対象とし、会社が費用を直接医療機関に支払う場合は福利厚生費として認められるケースがあります。

ただし、従業員に現金で支給する場合は給与として扱われる可能性が高いため、医療機関への直接支払いや後日精算の形式を取ることが推奨されます。

個人事業主の健康診断交通費は経費にならない

個人事業主が自身の健康診断を受診する際の交通費は、原則として経費として認められません。

なぜなら、個人事業主本人の健康診断費用は「生活費」とみなされ、事業所得の必要経費には該当しないためです。

これは、個人事業主には労働安全衛生法上の健康診断実施義務が適用されないことも関係しています。

法人の場合は従業員の健康管理が事業主の義務であり、その費用は事業の必要経費となりますが、個人事業主本人の健康管理は私的な範囲とされます。

ただし、医療費控除の対象となる可能性はあります。

健康診断の結果、治療が必要と判断され、その診断に基づいて治療を受けた場合、健康診断費用も含めて医療費控除の対象になることがあります。

出典：医療費控除の対象となる医療費｜国税庁

会社が健康診断交通費を負担する場合の仕訳方法

会社が従業員の健康診断にかかる交通費を負担する場合、適切な勘定科目を使って処理する必要があります。

ここでは、具体的な仕訳方法と勘定科目の選び方、注意点について詳しく解説します。

福利厚生費として処理する場合の仕訳

健康診断の交通費を福利厚生費として処理する場合の仕訳例を見てみましょう。

従業員が健康診断を受診し、交通費3,000円を会社が現金で精算した場合の仕訳は以下のようになります。

` 借方：福利厚生費 3,000円 貸方：現金 3,000円 `。

交通系ICカードにチャージして支給した場合も同様に福利厚生費で処理します。

` 借方：福利厚生費 5,000円 貸方：普通預金 5,000円 `。

複数の従業員分をまとめて処理する場合は、明細を適切に管理しておくことが重要です。

また、健康診断費用と交通費を一括で医療機関に支払った場合も、内訳を分けずに福利厚生費としてまとめて計上することができます。

` 借方：福利厚生費 15,000円（健康診断費用12,000円+交通費3,000円） 貸方：普通預金 15,000円 `。

旅費交通費として処理できるケース

業務の一環として健康診断を受診する場合や、特定の業務に従事する従業員が義務付けられている健康診断を受ける場合は、旅費交通費として処理することも可能です。

たとえば、特定健診や有機溶剤健診など、特定業務従事者に義務付けられた健康診断の交通費は、業務遂行上必要な移動費として旅費交通費で処理できます。

` 借方：旅費交通費 2,500円 貸方：現金 2,500円 `。

ただし、一般的な定期健康診断の場合は、業務との直接的な関連性が薄いため、福利厚生費として処理するのが適切です。

勘定科目の選択に迷った場合は、社内の経費規定や顧問税理士に相談し、一貫した処理方法を確立することをお勧めします。

従業員への支払方法と税務上の注意点

健康診断交通費を従業員に支給する方法には、いくつかの選択肢があります。

主な支払方法とそれぞれの注意点を以下に整理します。

• 実費精算：領収書や交通費申請書に基づいて後日精算する方法
• 事前支給：概算額を事前に支給し、後日清算する方法
• 直接支払：医療機関が遠方の場合、会社が交通手段を手配する方法

実費精算が最も一般的で、税務上も明確です。

従業員に交通費申請書を提出させ、実際にかかった費用を証明する書類を添付させることで、福利厚生費としての妥当性を示すことができます。

一方、現金を一律に支給する方法は、実際の交通費との差額が給与とみなされる可能性があります。

たとえば、全従業員に一律5,000円を支給した場合、実際の交通費が2,000円であれば、差額の3,000円は給与所得として源泉徴収の対象になる可能性があります。

また、健康診断を受診しなかった従業員にも交通費相当額を支給すると、完全に給与として扱われるため注意が必要です。

個人事業主の健康診断交通費の取り扱い

個人事業主の場合、健康診断にかかる交通費の取り扱いは法人とは大きく異なります。

ここでは、個人事業主が健康診断を受診する際の交通費について、税務上の正しい処理方法を解説します。

原則として経費計上できない理由

個人事業主本人の健康診断交通費は、原則として事業の必要経費として認められません。

その理由は、個人事業主本人の健康診断が「事業所得を得るために直接必要な支出」ではなく、「個人の健康維持のための私的な支出」とみなされるためです。

所得税法では、必要経費として認められるのは「事業所得を生ずべき業務について生じた費用」と定められています。

出典：必要経費（事業所得）｜国税庁

個人事業主の健康診断は、たとえ事業継続のために重要であっても、税務上は私的な健康管理として扱われます。

これは健康診断費用そのものも同様で、個人事業主本人の健康診断費用は経費として認められないのが原則です。

一方、法人の場合は、代表取締役や従業員の健康診断費用は、法律上の実施義務や企業の安全配慮義務の観点から、事業の必要経費として認められます。

従業員を雇用している場合の処理

個人事業主でも、従業員を雇用している場合は、その従業員の健康診断にかかる費用と交通費は経費として計上できます。

これは、個人事業主であっても雇用主として労働安全衛生法上の義務を負うためです。

従業員の健康診断交通費を支払った場合の仕訳は以下のようになります。

` 借方：福利厚生費 2,000円 貸方：現金 2,000円 `。

個人事業主の青色申告決算書では、経費の区分として「福利厚生費」の欄に記載します。

ただし、事業主本人の健康診断交通費を混同しないよう、明確に区別して記帳することが重要です。

従業員分の健康診断費用と交通費は、全額を事業の必要経費として計上でき、事業所得から控除できます。

また、配偶者や親族を従業員として雇用している場合も、労働の対価として適正な給与を支払い、健康診断を実施していれば、同様に経費計上が可能です。

医療費控除の対象になる条件

個人事業主本人の健康診断交通費は経費にはなりませんが、一定の条件を満たせば医療費控除の対象となる可能性があります。

医療費控除は、自己または生計を一にする配偶者その他の親族のために支払った医療費が一定額を超える場合に受けられる所得控除です。

健康診断費用が医療費控除の対象となるのは、以下の条件を満たす場合です。

• 健康診断の結果、重大な疾病が発見された
• 診断結果に基づいて引き続き治療を受けた
• 健康診断と治療が一連の医療行為として認められる

この条件を満たす場合、健康診断費用だけでなく、医療機関までの交通費も医療費控除の対象に含めることができます。

ただし、通常の予防目的の健康診断や、異常が見つからなかった場合の健康診断は、医療費控除の対象外となります。

人間ドックについても同様で、重大な疾病が発見され治療に至った場合のみ控除対象となります。

医療費控除を受ける際は、確定申告時に医療費控除の明細書を作成し、健康診断の領収書や診断結果、治療の経緯を証明できる書類を保管しておく必要があります。

健康診断費用と交通費を適切に管理する方法

健康診断にかかる費用と交通費を適切に管理することは、企業の経費管理や税務処理において重要です。

ここでは、実務で活用できる管理方法と、よくある課題への対応策を紹介します。

社内規定の整備と運用ルール

健康診断の交通費を適切に処理するためには、まず社内規定を整備することが重要です。

規定を明確にすることで、従業員への説明がしやすくなり、経理処理も統一されます。

社内規定に盛り込むべき項目は以下の通りです。

• 対象となる健康診断の種類（定期健康診断、人間ドック、特定健診など）
• 交通費の支給対象者（全従業員、正社員のみなど）
• 支給方法（実費精算、一律支給など）
• 支給上限額（ある場合）
• 申請手続きと承認フロー
• 必要な添付書類（領収書、交通費申請書など）

特に重要なのは、全従業員に公平に適用される制度であることです。

特定の役職や部門のみを優遇する制度では、福利厚生費として認められず、給与課税される可能性があります。

また、交通費の支給基準も明確にしておく必要があります。

たとえば、公共交通機関の利用を原則とし、自家用車を使用する場合はガソリン代を距離に応じて計算するなど、具体的なルールを定めましょう。

遠方の医療機関で受診する場合の取り扱いについても、事前に基準を設けておくとトラブルを防げます。

経費管理システムの活用

健康診断の交通費を含む経費管理を効率化するには、経費管理システムの導入が有効です。

近年では、クラウド型の経費管理システムが普及しており、申請から承認、精算、会計処理までを一元管理できるようになっています。

経費管理システムを活用するメリットは以下の通りです。

1. 申請・承認がオンラインで完結し、ペーパーレス化が進む
2. 交通系ICカードと連携し、交通費の自動読み取りが可能
3. 領収書をスマートフォンで撮影してアップロードできる
4. 会計ソフトと連携し、自動仕訳ができる
5. 申請データが蓄積され、分析や予算管理に活用できる

特に、交通系ICカードとの連携機能は便利です。

従業員が健康診断のために移動した際の交通費を、ICカードの履歴から自動的に取り込むことができ、手入力の手間が大幅に削減されます。

また、システム上で承認フローを設定しておけば、上司や経理担当者が外出先からでも承認処理ができ、精算のスピードが向上します。

導入時には初期設定や従業員への説明が必要ですが、中長期的には経理業務の効率化とコンプライアンス強化につながります。

税務調査で指摘されないためのポイント

健康診断の交通費について税務調査で指摘を受けないためには、以下のポイントを押さえておく必要があります。

まず、福利厚生費として処理する場合は、全従業員を対象とした制度であることを証明できるようにしておきましょう。

社内規定や通知文書、実施記録などを整備し、特定の従業員のみを優遇していないことを示せるようにします。

次に、支出の実態を証明する書類を適切に保管することが重要です。

交通費申請書、領収書、健康診断の受診票など、支出の事実と金額を証明できる書類を保管しておきましょう。

電子データで保管する場合は、電子帳簿保存法の要件を満たす必要があります。

出典：電子帳簿保存法の概要｜国税庁

また、社会通念上妥当な金額であることも重要です。

健康診断のために新幹線や飛行機を利用した場合など、過度に高額な交通費は給与とみなされる可能性があります。

近隣の医療機関で受診可能な場合は、そちらを優先するよう従業員に周知することも有効です。

人間ドックなど任意の健診については、費用を会社が直接医療機関に支払う形式にすることで、給与課税を避けられます。

従業員に現金で支給する場合は、給与として源泉徴収が必要になる可能性が高いため注意しましょう。

最後に、個人事業主の場合は、事業主本人の健康診断費用と従業員分を明確に区分して記帳することが重要です。

混同して記帳すると、税務調査で否認されるリスクがあります。

まとめ

健康診断の交通費が経費になるかどうかは、法人の従業員か個人事業主かによって取り扱いが異なります。

会社が従業員の交通費を負担する場合は、全従業員を対象とした制度であれば福利厚生費として経費計上が可能です。

一方、個人事業主本人の健康診断交通費は原則として経費にはなりませんが、雇用する従業員分は経費計上できます。

適切な仕訳と証憑管理を行い、税務上のリスクを回避しましょう。

ふくラボ編集部

ふくラボ編集部は、福利厚生・健康経営・業務DXをテーマに、制度や実務のポイントをわかりやすく解説します。現場で使える判断基準や運用のコツを大切にしながら、働く人の安心と、組織の強さにつながる情報を発信します。