健康診断が医療費控除の対象になる条件｜再検査・人間ドックは対象？

健康診断を受けた際、その費用を医療費控除に含めることができるのかどうか、疑問に思う方は少なくありません。

実は、健康診断そのものは原則として医療費控除の対象外です。

しかし、一定の条件を満たす場合には、健康診断費用も医療費控除の対象となることがあります。

本記事では、健康診断が医療費控除の対象になる条件や、再検査・精密検査が控除対象になるケース、人間ドックや特定健診の扱い、さらに確定申告の手順まで、国税庁の見解をもとに専門的かつ詳細に解説します。

個人事業主や会社員、従業員の皆様が正しく税制上のメリットを享受できるよう、必要な知識を体系的に整理してお伝えします。

健康診断が医療費控除の対象になる基本条件

医療費控除は、納税者本人またはその生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費について、一定額を超える部分を所得控除できる制度です。

この制度を活用することで、納税者は税負担を軽減することができます。

しかし、健康診断の費用は原則として医療費控除の対象外とされています。

その理由と、例外的に対象となる条件について詳しく見ていきます。

医療費控除の対象となる医療費とは

医療費控除の対象となる医療費は、疾病の治療または療養に必要な費用に限定されています。

国税庁の定義によれば、医療費控除の対象となるのは「医師または歯科医師による診療や治療の対価」「治療または療養に必要な医薬品の購入費用」などです。

つまり、疾病の治療や療養を目的とした費用が控除の対象であり、予防や健康維持を目的とした費用は対象外とされています。

健康診断は基本的に疾病の早期発見や予防を目的とするため、原則として医療費控除の対象にはなりません。

ただし、健康診断の結果、重大な疾病が発見され、引き続き治療を受けることになった場合には、その健康診断費用も治療に先立って行われた検査として医療費控除の対象となる可能性があります。

出典：医療費控除の対象となる医療費｜国税庁

健康診断が原則として対象外とされる理由

健康診断は、特定の症状や疾病がない状態で、健康状態の確認や疾病の早期発見を目的として実施される検査です。

これは「予防」の範疇に含まれるため、税制上は治療費とは区別されます。

医療費控除は、治療や療養に必要な支出に対する負担軽減を目的とした制度であり、予防的措置に対する補助を意図したものではありません。

そのため、健康診断や人間ドックの費用は、それ自体では医療費控除の対象とならないのが原則です。

この考え方は国税庁の見解でも明確にされています。

出典：健康診断の費用｜国税庁

例外的に控除対象となる「治療に必要な検査」の要件

健康診断が医療費控除の対象となるのは、次の要件を満たす場合です。

健康診断の結果、重大な疾病が発見され、その診断後に引き続き治療を受けることになった場合、その健康診断費用は治療に先立って行われた必要な検査費用として医療費控除の対象となります。

ここで重要なのは、単に異常値が見つかっただけではなく、実際に疾病の診断が確定し、治療が開始されたことが条件となる点です。

また、疾病の診断を受けただけで治療をしなかった場合や、軽微な異常のみで経過観察となった場合には、医療費控除の対象とはならないケースもあります。

実際に治療を受けたことが証明できる領収書や診断書を保管しておくことが重要です。

再検査・精密検査・人間ドックの医療費控除の適用

健康診断に付随して発生する再検査や精密検査、また人間ドックや特定健診などの費用について、医療費控除の対象となるかどうかは、それぞれの実施目的と結果によって判断が分かれます。

このセクションでは、各ケースごとに詳しく解説します。

再検査・精密検査が医療費控除の対象になる条件

健康診断で異常が見つかった後に受ける再検査や精密検査は、疾病の有無を確定するための診断行為であり、その費用の扱いは状況によって異なります。

再検査や精密検査の結果、疾病が発見されて治療を開始した場合、その再検査・精密検査費用は治療に必要な検査として医療費控除の対象となります。

一方で、再検査の結果、異常なしと判断されて治療が不要となった場合は、医療費控除の対象となりません。

このように、医療費控除の適用は「疾病の治療」という目的に直結しているかどうかで判断されます。

医師による診断と治療の実施が、控除対象となるかどうかの分水嶺となります。

再検査が控除対象となる具体例

以下のようなケースでは、再検査費用が医療費控除の対象となります。

• 健康診断で血糖値の異常が見つかり、再検査で糖尿病と診断され、投薬治療を開始した場合
• 胸部レントゲンで異常陰影が指摘され、精密検査（CT検査等）を受けた結果、肺がんが発見され手術を受けた場合
• 血圧の高値が確認され、再検査後に高血圧症と診断され、継続的な治療を受けることになった場合

これらのケースでは、再検査と精密検査が治療に先立って必要な診断行為であったと認められるため、医療費控除の対象となります。

再検査が対象外となる具体例

一方、以下のケースでは医療費控除の対象となりません。

• 再検査の結果、異常なしと判定され、治療の必要がなかった場合
• 再検査で軽微な異常値が確認されたものの、経過観察のみで治療を行わなかった場合
• 予防的観点から定期的に受ける検査（定期的な血液検査など）

これらは治療に直結しないため、医療費控除の対象外となります。

人間ドックの費用は控除対象になるか

人間ドックは、より詳細に全身の健康状態を確認するための総合的な検査です。

人間ドックの費用も、原則として健康診断と同様に予防的検査の範疇に含まれるため、医療費控除の対象外です。

しかし、人間ドックの結果、重大な疾病が発見され、引き続き治療を受けることになった場合には、その人間ドック費用も医療費控除の対象となります。

この扱いは健康診断の場合と同様であり、人間ドックという名称であっても、実質的に治療に先立つ必要な検査であったかどうかが判断基準となります。

出典：健康診断の費用｜国税庁

特定健診・特定保健指導の扱い

特定健診（特定健康診査）は、40歳以上75歳未満の公的医療保険加入者を対象に、メタボリックシンドロームの予防や早期発見を目的として実施される健康診断です。

特定健診の費用も、原則として医療費控除の対象外です。

ただし、特定健診の結果として疾病が発見され、医師による治療が開始された場合には、その特定健診費用が医療費控除の対象となる可能性があります。

また、特定健診の結果に基づいて行われる特定保健指導は、生活習慣の改善を目的とした保健指導であり、治療行為ではないため、医療費控除の対象外です。

特定健診と特定保健指導は、予防医療の一環として位置づけられているため、税制上の扱いも予防的措置として分類されます。

各種検査の医療費控除対象の整理表

この表のように、検査の結果と治療の有無が医療費控除の適用を左右する重要な要素となります。

個人事業主・会社員別の注意点と福利厚生との関係

健康診断の医療費控除について考える際、納税者の立場（個人事業主か会社員か）や、健康診断の費用負担者（自己負担か会社負担か）によって、控除の適用や確定申告の要否が変わってきます。

ここでは、それぞれの立場における注意点を整理します。

個人事業主が健康診断を受けた場合

個人事業主が自費で健康診断を受けた場合、その費用は原則として医療費控除の対象外です。

ただし、前述のとおり、健康診断の結果として疾病が発見され、治療を開始した場合には医療費控除の対象となります。

個人事業主の場合、健康診断費用を事業経費として計上できるかという点も疑問になることがありますが、健康診断は事業活動に直接必要な支出とは認められないため、原則として事業経費には該当しません。

したがって、医療費控除の要件を満たす場合に限り、確定申告で医療費控除として申告することになります。

個人事業主は通常、確定申告を行うため、医療費控除の適用も同時に行うことが可能です。

医療費控除を受けるためには、支払った医療費の領収書や明細書を保管し、確定申告時に医療費控除の明細書を作成して提出する必要があります。

会社員が会社の健康診断を受けた場合

会社員が会社の福利厚生として提供される健康診断を受ける場合、その費用は会社が負担するため、本人の自己負担はありません。

この場合、医療費控除の対象とはなりません。

会社負担の健康診断費用は、従業員の福利厚生費として会社の経費となり、従業員本人の所得税の計算には影響しません。

ただし、会社の健康診断で異常が見つかり、その後自費で再検査や精密検査を受けた場合、その自己負担分は医療費控除の対象となる可能性があります。

この場合も、再検査の結果として疾病が発見され、治療を開始したことが条件となります。

会社員が医療費控除を受けるためには、年末調整ではなく確定申告が必要です。

従業員が自費で人間ドックを受けた場合

会社の定期健康診断とは別に、従業員が自費で人間ドックを受けた場合、その費用は自己負担となります。

この場合も、人間ドックの結果として重大な疾病が発見され、引き続き治療を受けることになった場合には、その人間ドック費用が医療費控除の対象となります。

自費で人間ドックを受ける従業員は、領収書を保管し、必要に応じて確定申告で医療費控除を申告することが重要です。

特に、人間ドックの費用は数万円から十万円以上になることもあり、治療に結びついた場合には控除額が大きくなる可能性があります。

医療費控除とセルフメディケーション税制の選択

医療費控除とは別に、2017年から導入されたセルフメディケーション税制（医療費控除の特例）があります。

セルフメディケーション税制は、健康の維持増進および疾病の予防への取り組みとして一定の取組（健康診断や予防接種など）を行った個人が、スイッチOTC医薬品（特定の一般用医薬品）を購入した場合、その購入費用（年間12,000円を超える部分、上限88,000円）を所得控除できる制度です。

この制度を利用するためには、健康診断や予防接種などの「一定の取組」を行ったことが要件となります。

健康診断を受けることで、この要件を満たすことができます。

ただし、医療費控除とセルフメディケーション税制は選択適用で、同時に利用することはできません。

どちらの制度が有利かは、支払った医療費の総額や対象となる医薬品の購入額によって異なります。

• 医療費控除：年間の医療費が10万円（総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5%）を超える場合に適用
• セルフメディケーション税制：対象医薬品の購入費が年間12,000円を超える場合に適用

自身の状況に応じて、どちらの制度を利用するか検討することが重要です。

出典：セルフメディケーション税制の概要・手続など｜国税庁

医療費控除を受けるための確定申告の手順と必要書類

医療費控除を受けるためには、確定申告を行う必要があります。

ここでは、確定申告の手順と必要な書類、注意点について解説します。

医療費控除の確定申告に必要な書類

医療費控除を受けるために必要な書類は以下のとおりです。

• 確定申告書（会社員の場合は給与所得の源泉徴収票も必要）
• 医療費控除の明細書
• マイナンバーカードまたは通知カードと本人確認書類
• 医療費の領収書（明細書作成のために必要、提出は不要だが5年間保管が必要）

領収書の提出は不要ですが、税務署から求められた場合に備えて5年間の保管が必要です。

医療費控除の明細書には、医療を受けた人の氏名、病院・薬局などの名称、医療費の区分、支払った金額などを記載します。

健康診断が医療費控除の対象となる場合には、健康診断費用と、その後の治療費用を明細書に記載します。

確定申告の手順と期限

確定申告は、原則として翌年の2月16日から3月15日までの期間に行います。

会社員で年末調整を受けている場合でも、医療費控除を受けるためには確定申告が必要です。

確定申告の手順は以下のとおりです。

1. 医療費の領収書を整理し、医療費控除の明細書を作成する
2. 確定申告書を作成する（国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すると便利）
3. 必要書類を添えて税務署に提出する（e-Taxによる電子申告、郵送、税務署への持参のいずれかの方法）
4. 還付金がある場合は、指定した口座に振り込まれる（通常1〜2か月程度）

e-Taxを利用すると、自宅からオンラインで申告でき、還付も早くなる傾向があります。

マイナンバーカードとICカードリーダーがあれば、スムーズに電子申告が可能です。

申告時の注意点と証拠書類の保管

医療費控除を申告する際には、以下の点に注意してください。

• 健康診断が医療費控除の対象となる場合、健康診断の領収書だけでなく、その後の治療費の領収書も保管しておく
• 疾病が発見され治療を開始したことを証明するため、診断書や処方箋の写しなども保管しておくと安心
• 医療費控除の明細書には、健康診断費用と治療費を分けて記載する
• 家族全員分の医療費をまとめて申告できるため、生計を一にする家族の医療費も集計する

医療費の領収書は、電子データでの保管も認められています。

スマートフォンのアプリや家計簿ソフトを活用して、領収書を撮影・保管することも有効です。

また、確定申告後に税務署から問い合わせがあった場合に備え、健康診断の結果通知書や診断書、治療の経過が分かる書類なども保管しておくことをおすすめします。

医療費控除額の計算方法

医療費控除の金額は、以下の計算式で求められます。

医療費控除額 ＝（年間に支払った医療費の総額 − 保険金などで補填される金額）− 10万円（総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5%）。

控除額の上限は200万円です。

例えば、年間の医療費総額が30万円、保険金等の補填がない場合、医療費控除額は以下のようになります。

30万円 − 10万円 = 20万円。

この20万円が所得から控除され、所得税と住民税が軽減されます。

実際の節税額は、所得税率によって異なります。

所得税率が20%の場合、20万円 × 20% = 4万円が所得税の軽減額となります（住民税も合わせるとさらに節税効果があります）。

まとめ

健康診断は原則として医療費控除の対象外ですが、健康診断の結果として疾病が発見され、引き続き治療を受けることになった場合には、その健康診断費用も医療費控除の対象となります。

再検査や人間ドック、特定健診についても同様の扱いです。

医療費控除を受けるためには、領収書を保管し、確定申告を行う必要があります。

個人事業主や会社員、それぞれの立場に応じた申告方法を理解し、適切に税制上のメリットを享受しましょう。

ふくラボ編集部

ふくラボ編集部は、福利厚生・健康経営・業務DXをテーマに、制度や実務のポイントをわかりやすく解説します。現場で使える判断基準や運用のコツを大切にしながら、働く人の安心と、組織の強さにつながる情報を発信します。