健康診断の勘定科目は福利厚生費？仕訳例と役員・人間ドックの扱い

健康診断の費用を会社で払ったとき、どの勘定科目で処理すればよいか迷う経理・総務の担当者は少なくありません。

結論からいうと、従業員の健康診断の勘定科目は「福利厚生費」が基本です。

ただし、役員だけが受けた場合や、一部の人だけ高額な人間ドックを受けた場合は、給与や役員報酬として扱う必要が出てきます。

勘定科目を誤ると、源泉徴収の漏れや、経費計上の否認につながります。

この記事では、勘定科目の選び方と仕訳例、役員・人間ドック・個人事業主の扱いを、国税庁の資料をもとに整理します。

健康診断の勘定科目は福利厚生費が基本

会社が従業員に受けさせる健康診断の費用は、福利厚生費として処理するのが一般的です。

事業者には、労働安全衛生法にもとづき、従業員に健診を受けさせる義務があります。

会社の義務として行う健診なので、その費用も会社の経費として扱えます。

出典：労働基準・安全衛生｜厚生労働省

福利厚生費で処理できる3つの条件

福利厚生費として処理するには、次の3つを満たしていることが目安になります。

• 対象となる従業員の全員が受けられること
• 検査の内容と金額が、健康管理のために一般的な範囲であること
• 費用を会社が負担していること

特に重要なのは「全員が受けられること」です。

国税庁の通達は、役員だけを対象にした場合や、著しく多額な場合を除き、課税しなくてよいとしています。

「35歳以上の希望者全員」のように、一定の基準で対象を決めるのは問題ありません。

出典：所得税基本通達36-29｜国税庁

健康診断費用の仕訳例

従業員10人分の健診費用として、110,000円(税込)を医療機関に振り込んだ場合の仕訳です。

会社から医療機関へ直接支払うと、会社が負担したことが明確になり、経費計上の説明がしやすくなります。

立て替え払いをした場合の仕訳

従業員が窓口で11,000円を立て替え、後日、会社が現金で精算した場合の仕訳は以下のとおりです。

立て替えの場合も、勘定科目は福利厚生費で変わりません。

領収書の宛名は会社名にしてもらい、実費をそのまま精算します。

実費と関係なく一律の金額を現金で渡すと、給与とみなされるおそれがあるので注意してください。

消費税の区分は課税仕入れ

健診の費用には、消費税がかかります。

消費税が非課税になる医療は、主に健康保険などの保険が使える診療です。

健診は保険診療ではないため、課税仕入れとして処理します。

出典：No.6201 非課税となる取引｜国税庁

健康診断の勘定科目が給与や役員報酬になるケース

条件を満たさない場合、会社が負担した費用は、本人への給与とみなされます。

給与になると、源泉徴収が必要になります。

役員や一部の人だけが受ける場合

役員や特定の地位の人だけを対象に費用を負担すると、課税の問題が生じます。

この場合の費用は、役員なら役員報酬、従業員なら給与として処理します。

役員報酬とされた金額は、会社の損金にできない場合があります。

たとえば、代表取締役だけが受けた人間ドックの費用110,000円を会社が支払った場合は、次のように処理します。

この金額は本人の給与として、源泉徴収の対象になります。

判断に迷うときは、決算の前に顧問税理士へ確認してください。

検査の内容が一般的な範囲を超える場合

全員が対象でも、金額が著しく多額な場合は、給与とされるおそれがあります。

宿泊をともなう豪華なプランや、健康管理と関係の薄いオプションは避けるのが無難です。

「いくらまでなら問題ない」という金額の基準は、公表されていません。

役員の健康診断の勘定科目と注意点

役員は、労働安全衛生法上の「労働者」には原則として含まれません。

そのため、役員の健診は会社の義務ではなく、任意で行うものです。

それでも、従業員と同じ条件で受ける健診なら、役員の分も福利厚生費で処理できます。

役員と従業員を同じ制度の対象にする

役員の健診費用を福利厚生費にするには、役員だけの制度にしないことが前提です。

たとえば、従業員は法定の項目だけ、役員は全員が人間ドックという設計は、説明が難しくなります。

「40歳以上は役員・従業員とも人間ドックを選べる」のように、同じ基準をあてはめます。

従業員50人・役員3人の会社なら、次のような設計が考えられます。

役員と従業員で扱いを分けていないため、役員の分も同じ勘定科目で会計処理できます。

人間ドックは対象者の範囲で判断する

人間ドックの費用については、国税庁が質疑応答事例を公表しています。

事例では、次の条件を満たす場合、給与として課税する必要はないとされています。

• 一定年齢以上の希望者は、全員が検診を受けられる
• 検診を受けた人の全員について、会社が費用を負担する

判断の分かれ目は金額よりも「誰が受けられるか」です。

出典：人間ドックの費用負担｜国税庁

社内規程と証憑を残す

税務調査では、制度の実態を資料で説明できるかが問われます。

次の資料をそろえておくと、説明がしやすくなります。

社内規程には、少なくとも次の項目を入れておきます。

• 制度の目的(従業員と役員の健康管理)
• 対象者の範囲と年齢などの要件
• 実施の頻度(年1回など)
• 会社が負担する検査項目と金額の上限
• 支払いの方法(会社から直接払うか、立て替えて精算するか)

受診の記録を紙やExcelで管理していると、対象者全員が受けたことの確認に手間がかかります。

健康管理システムで受診状況を一元管理すると、こうした記録をすぐに出せます。

個人事業主の健康診断の勘定科目

個人事業主は、本人の分と従業員の分で扱いが分かれます。

本人の分は経費にならない

個人事業主本人の健診費用は、事業の経費にできません。

健康の管理は、事業ではなく個人の生活にかかわる支出とされるためです。

事業用の口座から支払った場合は、「事業主貸」の勘定科目で処理します。

確定申告で、事業の経費に含めないよう注意してください。

健診の費用は、医療費控除の対象にも原則として含まれません。

出典：No.1122 医療費控除の対象となる医療費｜国税庁

従業員の分は福利厚生費

従業員を雇っている場合、従業員の健診費用は法人と同じく福利厚生費で処理できます。

ただし、従業員が家族だけの場合は、経費として認められにくくなります。

家族以外の従業員と同じ条件で実施しているかが、判断のポイントです。

従業員の健診を外部のサービスにまとめて依頼した場合も、勘定科目は福利厚生費で計上します。

健康診断の費用で迷いやすい場面

再検査やオプション検査の費用

一般の定期健診で再検査になった場合、その費用を会社が負担する義務はありません。

会社が負担する場合は、対象者の全員に同じ基準をあてはめれば、福利厚生費で処理できます。

費用負担の考え方は、健康診断の再検査費用は誰が負担する？で詳しく解説しています。

健診会場までの交通費

健診を受けるための交通費は、旅費交通費で処理するのが一般的です。

通勤の経路から外れる分だけを精算するなど、社内の基準を決めておくと処理がぶれません。

健康診断の勘定科目でよくある質問

社長1人の会社の健康診断は経費になりますか

役員だけを対象にした費用の負担は、課税の問題が生じるとされています。

社長1人の会社では「全員が対象」という条件を説明しにくいため、役員報酬とされる可能性があります。

扱いは個別の事情で変わるので、顧問税理士か税務署に確認してください。

パートやアルバイトの健康診断も福利厚生費ですか

雇用形態にかかわらず、会社が受けさせる健診の費用は福利厚生費で処理できます。

健診を受けさせる義務があるパートの範囲は、労働時間などで決まります。

従業員の家族の健康診断は経費になりますか

従業員の家族は会社の業務に従事していないため、費用を会社が負担すると、従業員への給与とされるのが一般的です。

予防接種の費用も同じ勘定科目ですか

インフルエンザなどの予防接種も、従業員の全員を対象に会社が負担するなら、福利厚生費で処理するのが一般的です。

考え方は健診と同じで、対象が一部の人に限られると給与とされるおそれがあります。

まとめ

健康診断の勘定科目は、従業員の全員が受けられる一般的な内容であれば、福利厚生費です。

役員だけが受ける場合や、一部の人だけ高額な検査を受ける場合は、給与や役員報酬として扱います。

判断のポイントは「誰が受けられるか」「内容が一般的か」「記録が残っているか」の3つです。

対象者の基準を社内規程で決め、受診の記録を残しておくと、決算や税務調査のときに説明しやすくなります。

ふくラボ編集部

ふくラボ編集部は、福利厚生・健康経営・業務DXをテーマに、制度や実務のポイントをわかりやすく解説します。現場で使える判断基準や運用のコツを大切にしながら、働く人の安心と、組織の強さにつながる情報を発信します。